許多有機色料具有生物活性，可以用于殺菌、疾病診斷等，總所周知的紅藥水、紫藥水就是普遍的產品。如今，色料已在疾病檢測、DNA測序、熒光探針、光動力治療等方面得到了實際應用，在高科技的醫療技術上起到重要作用。色料在藥物分析中主要是用于藥物的定量分析，例如：利用金蓮橙OO或 羊毛綠B在Britton-Robinson緩沖溶液中形成在543nm處有大吸收的離子對進行定量分析；以結晶紫作為指示劑可以用非水滴定法測量的含量。而一些染料分子通過與DNA結合，熒光或其他特性的改變，可以較好地實現DNA的測序及檢測。此外，將食用色素作為藥片著色劑，同時結合顏色對患者的心里特點，不助于病患的情緒，更重要的是可以將藥片有效區分開來，避免發生差錯。

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