物料的燃燒將產生灰，現代焚燒爐都配備滌氣器和過濾包(袋)或靜電沉淀器來加以處理。織物過濾包和靜電沉積器是兩大系統，都能非常好地除去廢氣流中危險的飛揚灰粒子和低揮發的金屬蒸汽，從而進入煙囪排放。現代靜電沉積器配備有間歇能量化系統，在收集高電阻率的煙灰時限制逆電離。良好的燃燒器可以消除大部分飛塵和黏附于灰塵上的危險化學藥品，如在過濾包的入口處粒子濃度約為10mg/m3，經過濾能被有效地減少到<0.03mg/m3。通過一系列滌氣器和化學處理反應器，可以處理并中和酸性氣體，如氯化氫、S02和NOx。
酸氣滌氣器可以有幾種：干過程、半干過程或濕過程滌氣器。使用粉末或熟石灰作反應化學品，是最適合于干過程或半干過程；濕過程使用苛性鈉溶液除去酸氣。通過改變氣體燃燒區的空氣比例或在燃燒室中噴射NH3溶液，可把NxO轉變成NOx，使氮的氧化物得到控制。
現代焚化爐是具有非常嚴格的控制和監視功能，包括使用計算分析技術，能檢測極其低的化學品濃度，低達10-9g。溫度控制、滯留時間和燃燒氣、煙道氣及飛塵的空氣流分析均能連續自動錄。廢物燃燒的結果會產生幾種非燃燒氣體和蒸氣，如低揮發的低熔點的重金屬和各種酸氣。如果不控制氣體與飛塵而排放到大氣中，會對環境進行污染。
有機物質的完全燃燒將產生二氧化碳和水，焚燒爐對溫室效應的影響將是填埋處理的1/3？1/6。有機物和無機物的混合廢棄物的燃燒將產生固體廢料，主要在底部殘留物中，部分飛灰被收集在過濾包中。殘渣常是初始廢棄物體積的10%和質量的15%？20%。在焚燒前除去金屬、玻璃等可以減少殘渣固體，同時提高廢棄物熱值。
