在本次機構改革中，鐵道部的巨額債務成為輿論關注的焦點。

　　截至2012年三季度，鐵道部的資產為43044億元，負債為26607億元，資產負債率為61.81%，稅后利潤則為-85.41億元。

　　鐵道部的負債呈連年增加的趨勢，其中長期貸款占主要比例，截至2012年三季度，鐵道部累計的長期借款達20604億元，占總負債的77.74%。

　　從今年開始，鐵道部將進入償還貸款的高峰期。拆分鐵道部，萬億債務何去何從？昨日，全國政協委員、銀監會前主席劉明康也對媒體表示了他的擔心：鐵道部是負債率最高的一個部門，他希望銀行“還是要謹慎一些”。

　　對于債務如何處置的棘手問題，盛光祖多次作出回應：“鐵路建設的債務，要按照公益性和經營性來區分。”他稱，鐵道部及國家要對這個進行認真研究，但他個人認為，公益性的建設項目債券要通過國家財政及其他手段來處理。

　　而對備受關注的“經營性債務”償還方式，他表示：“這個也要通過多個方式，比如財政方面的貼息、既有資產變現還貸，當然，鐵路部門經營提高效益也是償還經營性債務的一個手段。”

　　最后，盛光祖表示，有關部門會按照有關政策法規，認真地研究，會得到妥善地解決。盛光祖表示：“大家放心。”

　　對于鐵道部的高額債務，工行行長楊凱生也表示“比較放心”。他表示，目前鐵道部的債權和債務關系比較明晰，改制以后，“該是由哪個主體承接的債務，還是由哪個主體承擔債務。”他相信在鐵道部負債方面“不會有問題的”。

　　但他同時表示，目前各地的鐵路局，到底算是鐵道部的分公司還是子公司，需要理清楚。如果是分公司，就只有一個法人，如果是子公司，那便有多個法人。而銀行對于單一法人客戶的負債集中度是有要求的，一個單個法人不能占比超過一定的風險承受能力。如果沒有理順分公司還是子公司的問題，那么未來執行起來就有困難。

　　楊凱生說，之前，我們在國家支持鐵路建設，加快鐵路機制的要求下，不僅為鐵道部，也為鐵道部各地分局貸款，本來是直接對應的鐵道部財務司，這是考慮到國家信用，也就都貸款出去了，但是以后，這將是個問題。

　　央行副行長易綱則對此表示，鐵路債務人和債權人關系肯定會理清，鐵路總公司作為一個企業經營主體，肯定要把鐵道部的所有債務債權都承接過去，這個必須要實行無縫連接，這個不可能會斷的，因為它是作為一個企業經營主體，一定會有嚴密的設計，不會出現問題。